Salaperäinen valtikka lähettää Turtlesien ystävän, April O'Neilin, ajassa taaksepäin, vuoden 1603 Japaniin. Leonardo, Donatello, Michelangelo ja Raphael lähtevät pelastusretkelle, mutta laskelmien mukaan heillä on vain 60 tuntia aikaa ennen kuin aikajatkumo sulkeutuu!

Perillä nelikolle selviää, että April on vangittuna julmuudestaan tunnetun Lordi Norinagan palatsissa. Kaikki ninjataidot tulevat nyt todella tarpeeseen, sillä Norinaga on erittäin vaarallinen vastustaja.

Aikaa ei ole hukattavaksi, ja jos tehtävä epäonnistuu, jäävät Turtlesit jumiin keskiajalle. Ei kuulosta hyvältä, varsinkaan kun pizzerioista ei ole vielä kuultukaan!

"Jos olet Turtles-fani, älä missaa tätä!"
- Svenska dagbladet

"Konnamaisen hyvä!"
- Sunday Mirror